「与你相遇后，我那停滞不前的时间，开始流逝」这颗星球正在沉没——海平面因不明原因急速上升，海洋吞没了大部分沿海地区，如今也在不断蚕食着陆地。人类的栖息地被迫收缩，处于巅峰时期的科学技术不断流失。这是逐渐迈向灭亡的平静时代。主人公斑鸠夏生在8岁时因一场隧道事故失去右腿，在游戏开场时与就读的研究院老师产生矛盾而休学，移居到了已故祖母所居住的海边小镇。夏生在某天早上醒来时遇见一自称是讨债人的凯萨琳，凯萨琳要求夏生找到他已故祖母的遗产用以还债。夏生下潜至海中的祖母故居打捞起了机器人少女亚托莉。亚托莉希望夏生在45天后卖掉自己换取一条新的义肢，在这45天内则与夏生同居，担负起作为夏生「腿」的职责，并希望夏生协助自己执行前主人给她下达的「最后的命令」。