每天都有怪兽吓唬人的世界。日比野卡夫卡打算加入讨伐怪兽的“日本防卫队”，不知不觉中放弃了这个梦想，在怪兽专业清扫商里默默地工作。“两个人一起消灭怪兽吧”曾经如此发誓的幼时熟人亚白米娜作为第3部队队长备受瞩目，身负无法与她战斗的卡夫卡。但是，以防卫队为目标的后辈以与市川雷诺的相遇为契机，停止时开始行动。为了站在米娜的旁边。为了保护人们免受怪物的伤害。卡夫卡又开始追寻昔日的梦想。——可是他不知道。怪兽的威胁以意想不到的方式向我们逼近。